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Pala, 助力單B細胞分離及聯(lián)合測序

發(fā)布日期:2024-10-18      瀏覽次數(shù):154

單細胞RNA測序(scRNA-seq)作為一種高通量測序技術,它允許研究者在單個細胞水平上測量基因表達,揭示細胞群體內(nèi)部的異質性,識別不同細胞類型或狀態(tài)的基因表達模式,為細胞生物學、發(fā)育生物學、疾病研究和藥物發(fā)現(xiàn)等領域的研究提供了新的維度和深度。


單細胞RNA測序技術起始于單細胞分離,Bio-Techne單細胞柔性系統(tǒng)Pala為單細胞分選提供了快速便捷的途徑。以下實驗通過單細胞柔性分選系統(tǒng)Pala分選經(jīng)細胞活性染料及特異性熒光抗體標記的單個活化B細胞。通過對靜息及活化B細胞基因表達分析研究活化對基因表達的影響。



實驗步驟

(1)利用mCD40L-3T3飼養(yǎng)細胞對人原代記憶B細胞活化6天。收集活化后細胞并用抗人CD27-PE抗體及細胞活性染料CellTrackerGreen進行染色。

(2)在板中加入每孔4微升裂解液,利用單細胞柔性分選系統(tǒng)Pala將PE及FITC陽性細胞分選至96孔PCR板中。細胞裂解后進行cDNA合成及RNA建庫測序。

(3)每孔中進行VH及VL抗體可變區(qū)基因特異性擴增(qPCR)。

(4)基因文庫利用Illumina Nextseq進行測序,比較活化及靜息狀態(tài)下B細胞的基因表達差異。



實驗結果

(1)單細胞分離效率:經(jīng)過擴增后,96孔中有93孔含有cDNA(97%)。

(2)單細胞驗證:Sanger測序表明所有的孔中都是單個細胞,不存在二聚體的情況。

(3)免疫球蛋白基因表達:免疫球蛋白qPCR結果顯示所有所有樣品中均表達重鏈IGVH,輕鏈僅表達kappa或lambda(IGVK、IGVL)中的一種。


(4)B細胞活化相關基因表達變化:觀察到多個與B細胞活化相關的基因表達發(fā)生變化。這些基因包括但不限于CD22、CD19、BLNK、PLCγ2、IRF4、BLIMP1、XBP1、CD27、CD38和CD319。


(5)免疫球蛋白亞型表達:展示了IgG、IgA以及kappa和lambda輕鏈的表達情況,這有助于了解B細胞在活化狀態(tài)下的免疫球蛋白亞型轉換。


Bio-Techne單細胞柔性分選系統(tǒng)Pala為單細胞分離和分選提供了一個輕柔、快速、易于操作平臺,可與下游的單細胞基因組分析聯(lián)合使用。



* 本文轉載自「ProteinSimple」微信公眾號




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